Berdasarkan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 1 Tahun 2025 tentang STATUTA Universitas Islam Negeri Siber Syekh Nurjati Cirebon, pada BAB II Identitas, Bagian Keempat: Bendera, Pasal 10:

Bendera Universitas:

Keterangan:
  1. Berbentuk empat persegi panjang 250 cm (dua ratus lima puluh sentimeter) dan lebar 100 cm (seratus sentimeter) atau memiliki panjang 2 ½ (dua setengah kali) dari lebarnya;
  2. Berwarna dasar hijau sage (kode gradasi #77815C) melambangkan pertumbuhan, pembaharuan, kebijaksanaan, kedamaian, harmoni, dan kesadaran lingkungan.
  3. Di tengah bendera Universitas terpampang lambang Universitas; dan
  4. Di bawah lambang bertuliskan: UNIVERSITAS ISLAM NEGERI SIBER SYEKH NURJATI CIREBON

Bendera Fakultas dan Pascasarjana

Keterangan:
  1. Bendera Fakultas dan Pascasarjana berbentuk empat persegi panjang dengan ukuran panjang 250 cm (dua ratus lima puluh sentimeter) dan lebar 100 cm (seratus sentimeter) atau memiliki panjang 2 ½ (dua setengah kali) dari lebarnya;
  2. Warna bendera Fakultas dan Pascasarjana serta maknanya adalah:
    1. Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan berwarna hijau (#009A44) melambangkan sikap pengasuhan dan harapan masa depan, dan tulisan nama Fakultas berwarna kuning (#DBEB4B);
    2. Fakultas Syari'ah berwarna hitam (#000000) melambangkan keteguhan dan kewibawaan, serta tulisan nama Fakultas berwarna kuning (#DBEB4B);
    3. Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam berwarna oranye (#FFA500), melambangkan kemuliaan dan kebahagiaan, dan tulisan nama Fakultas berwarna kuning (#DBEB4B);
    4. Fakultas Ushuludin dan Adab berwarna biru (#0000FF), melambangkan percaya diri dan tulisan nama Fakultas berwarna kuning (#DBEB4B);
    5. Fakultas Dakwah dan Komunikasi Islam berwarna cokelat (#692C1C) melambangkan ajakan kepada kebenaran dan tulisan nama Fakultas berwarna kuning (#DBEB4B);
    6. Pascasarjana berwarna merah tua (#FF0000), melambangkan semangat pengembangan ilmu dan kematangan intelektual dan tulisan Pascasarjana berwarna kuning (#DBEB4B);
  3. Di tengah-tengah bendera Fakultas dan Pascasarjana terpampang lambang Institut;
  4. Di bawah lambang Institut terdapat tulisan nama masing-masing Fakultas, Pascasarjana.