Berdasarkan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 1 Tahun 2025 tentang STATUTA Universitas Islam Negeri Siber Syekh Nurjati Cirebon, pada BAB II Identitas, Bagian Keempat: Bendera, Pasal 10:
Bendera Universitas:

- Berbentuk empat persegi panjang 250 cm (dua ratus lima puluh sentimeter) dan lebar 100 cm (seratus sentimeter) atau memiliki panjang 2 ½ (dua setengah kali) dari lebarnya;
- Berwarna dasar hijau sage (kode gradasi #77815C) melambangkan pertumbuhan, pembaharuan, kebijaksanaan, kedamaian, harmoni, dan kesadaran lingkungan.
- Di tengah bendera Universitas terpampang lambang Universitas; dan
- Di bawah lambang bertuliskan: UNIVERSITAS ISLAM NEGERI SIBER SYEKH NURJATI CIREBON
Bendera Fakultas dan Pascasarjana
Keterangan:- Bendera Fakultas dan Pascasarjana berbentuk empat persegi panjang dengan ukuran panjang 250 cm (dua ratus lima puluh sentimeter) dan lebar 100 cm (seratus sentimeter) atau memiliki panjang 2 ½ (dua setengah kali) dari lebarnya;
- Warna bendera Fakultas dan Pascasarjana serta maknanya adalah:
- Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan berwarna hijau (#009A44) melambangkan sikap pengasuhan dan harapan masa depan, dan tulisan nama Fakultas berwarna kuning (#DBEB4B);
- Fakultas Syari'ah berwarna hitam (#000000) melambangkan keteguhan dan kewibawaan, serta tulisan nama Fakultas berwarna kuning (#DBEB4B);
- Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam berwarna oranye (#FFA500), melambangkan kemuliaan dan kebahagiaan, dan tulisan nama Fakultas berwarna kuning (#DBEB4B);
- Fakultas Ushuludin dan Adab berwarna biru (#0000FF), melambangkan percaya diri dan tulisan nama Fakultas berwarna kuning (#DBEB4B);
- Fakultas Dakwah dan Komunikasi Islam berwarna cokelat (#692C1C) melambangkan ajakan kepada kebenaran dan tulisan nama Fakultas berwarna kuning (#DBEB4B);
- Pascasarjana berwarna merah tua (#FF0000), melambangkan semangat pengembangan ilmu dan kematangan intelektual dan tulisan Pascasarjana berwarna kuning (#DBEB4B);
- Di tengah-tengah bendera Fakultas dan Pascasarjana terpampang lambang Institut;
- Di bawah lambang Institut terdapat tulisan nama masing-masing Fakultas, Pascasarjana.