FEBI IAIN Syekh Nurjati Cirebon didirikan berdasarkan PMA Nomor 7 Tahun 2022 Tentang Perubahan Kedua Atas Peraturan Menteri Agama Nomor 11 Tahun 2013 Tentang Organisasi dan tata Kerja IAIN Syekh Nurjati Cirebon, yang menjadi dasar pemekaran Fakultas Syariah dan Ekonomi Islam menjadi dua fakultas, yaitu Fakultas Syariah dan Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam.
Setelah terjadinya pemekaran Fakultas Syariah dan Ekonomi Islam pada tahun 2022 menjadi Fakultas Syariah (FS) dan Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam (FEBI) terjadi pembagian Program Studi, Dimana 4 Program Studi masuk ke FEBI yaitu Program Studi Perbankan Syariah, Program Studi Ekonomi Syariah, Program Studi Akuntansi Syariah dan Program Studi Pariwisata Syariah. Keempat program Studi ini telah memperoleh akreditasi minimum dari BAN-PT pada tahun 2020. Prodi Ekonomi Syariah terakreditasi Baik berdasarkan SK BAN-PT No. 12230/SK/BAN-PT/Akred/S/XI/2021, Prodi Akuntansi Syariah terakreditasi Baik berdasarkan SK BAN-PT No. 13913/SK/BAN-PT/Akred/S/XII/2021, Program Studi Pariwisata Syariah terakreditasi Baik berdasarkan SK BAN PT No. 4065/SK/BAN-PT/Ak.P/S/X/2023 dan Perbankan Syariah memiliki nilai akreditasi B sesuai SK BAN PT No. 1857/SK/BAN-PT/Akred/S/V/2019 Tanggl : 28-05-2019