Merujuk kepada sejarahnya, kelahiran IAIN Syekh Nurjati Cirebon tidak dapat dipisahkan dari perjuangan umat Islam Indonesia, khususnya yang berada di wilayah Cirebon pasca kemerdekaan. Perkembangan situasi sosial politik bangsa Indonesia pada awal tahun 1960-an yang diwarnai oleh munculnya faham komunis (PKI), telah mendorong umat Islam untuk memperkokoh barisan perjuangan mereka melalui pendirian lembaga pendidikan Islam. Faham komunis yang memperoleh ruang politik sangat lebar pada era revolusi menggiring terjadinya konflik ideologi di tengah-tegah masyarakat.Dalam benak awam partai komunis yang dasarnya berfaham ateis mengancam keberagamaan bangsa Indonesia terutama umat Islam.