Pascasarjana UIN Siber Syekh Nurjati Cirebon berperan dalam menyelenggarakan pendidikan tingkat lanjut di bidang keislaman dan berbagai disiplin ilmu lainnya. Program pascasarjana mencakup jenjang magister (S2) dan doktor (S3) yang bertujuan untuk menghasilkan akademisi, peneliti, dan praktisi yang memiliki pemahaman mendalam dalam bidang keilmuan tertentu. Kurikulumnya dirancang untuk membekali mahasiswa dengan kemampuan riset yang kuat, pemikiran kritis, serta pendekatan multidisipliner dalam menyelesaikan permasalahan umat. Pascasarjana UIN Siber Syekh Nurjati Cirebon juga aktif dalam penelitian dan publikasi ilmiah yang berkontribusi dalam perkembangan ilmu pengetahuan dan peradaban Islam di tingkat global.